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在 R 的 immunarch 中加载 AIRR-C 格式的批量测序免疫受体库数据

适用于批量 AIRR Rearrangement TSV（每行一个重排/受体）。前提：已安装 immunarch。

工作原理：

  • 从文件夹读取所有 AIRR-C TSV（批量模式）。
  • 将 AIRR 字段（如 v_call、j_call、junction_aa）映射到受体 schema。
  • 使用提供的计数字段设置受体丰度。

关键参数：

  • schema：你需要的特征（例如 junction_aa、v_call、j_call）
  • path：文件、通配符（glob）或包含文件的文件夹
  • count_col：通常是 umi_count 或 duplicate_count（若列名不同请相应调整）
library(immunarch)

schema <- make_receptor_schema(features = c("junction_aa", "v_call"))
# 备选：
schema <- make_receptor_schema(features = c("cdr3_aa", "v_call"))

idata <- read_repertoires(
  path       = "/path/to/bulk_airr/*.tsv",
  schema     = schema,
  count_col  = "umi_count",
  preprocess = make_default_preprocessing("airr")
)

# 如果你有元数据，可以这样使用：
idata <- read_repertoires(
  path       = "/path/to/bulk_airr/*.tsv",
  metadata   = your_metadata_table,
  schema     = schema,
  count_col  = "umi_count",
  preprocess = make_default_preprocessing("airr")
)

# 如果你已经知道受体库（repertoire）schema：
idata <- read_repertoires(
  path              = "/path/to/bulk_airr/*.tsv",
  metadata          = your_metadata_table,
  schema            = schema,
  count_col         = "umi_count",
  preprocess        = make_default_preprocessing("airr"),
  repertoire_schema = c("Patient", "Cluster", "Response")
)